电池管理系统采用两级构架，下层BMU负责监测电堆电压、电堆电流、继电器控制、循环泵控制、绝缘监测等，并与上层BAMS通信；上层BAMS负责电池系统的各类传感器监测、电池系统均衡管理、环境系统控制，并与PCS和智能微网综合能效管理平台进行通信，同时配置规约转换装置，以匹配不同规约要求。

电池管理系统的功能如下：
（1）检测电堆和电堆组的电压、电流、压力、温度、绝缘电阻，并对这些参量进行实时监测，同时对集装箱温湿度、电解液液位等环境参量实时监测。
（2）对电池的荷电状态（SOC）进行估算，能够实时上报SOC。
（3）根据电池的状态控制规划对电池的充放电控制，如电池电压超压或过电流，系统立即停止电池工作。
（4）对电池进行故障诊断，并根据具体故障内容进行相应的故障处理，具备但不限于以下的保护功能：过充保护、过放保护、短路保护、过载保护、过温保护。相关故障信息具备故障信息上传、实时告警等功能。
（5）实时监测电堆及电堆组的电解液温度，通过热交换器采取制冷/加热措施调整电解液温度，防止全钒液流氧化还原电池工作在高温或者低温状态下。
（6）与智能微网综合能效管理平台进行信息交互的功能。